同一労働同一賃金ガイドライを踏まえ、各種手当について、基本的な考え方を取上げます。
通勤手当及び出張旅費
通勤手当・出張手当は，通勤・出張にかかる実費を補償する目的で支給される手当と考えられます。したがって、通勤・出張により実費を負担する非正規労働者に対し、正社員と同様に支給する必要があります。
ガイドラインは、問題とならない例として、以下の場合を挙げています。
同一労働同一賃金ガイドラインによる問題のない例
(1)本社の採用である労働者に対しては、交通費実費の全額に相当する通勤手当を支給している。それぞれの店舗の採用である労働者に対しては、当該店舗の近隣から通うことができる交通費に相当する額に通勤手当の上限を設定して当該上限の額の範囲内で通勤手当を支給している。店舗採用の非正規労働者が、その後、本人の都合で通勤手当の上限の額では通うことができないところへ転居してなお通い続けている場合に、当該上限の額の範囲内で通勤手当を支給している。
(2) 通勤手当について、所定労働日数が多い（例えば、週4日以上）正社員及び非正規労働者には、月額の定期券の金額に相当する額を支給している。一方、所定労働日数が少ない（例えば、週3日以下）又は出勤日数が変動する非正規労働者には、日額の交通費に相当する額を支給している。
労働契約法旧20条下の判例としては、ハマキョウレックス事件最高裁判決（通勤手当）があります。下級審では、福岡地裁小倉支部平成30年2月1日判決（通勤手当）があります。
食事手当
食事手当は，勤務時間内の食事の負担補助を目的に支払われる手当と考えられます。したがって，勤務時間中に食事休憩が挟まれる非正規労働者に対しては，正社員と同様に支給する必要があります。
ガイドラインは，正社員には，非正規労働者に比べ，食事手当を高く支給している場合を問題がある例として挙げています。
一方，ガイドラインが，問題ない例として挙げているのは，以下の場合です。
労働時間の途中に昼食のための休憩時間がある正社員に支給している食事手当を，その労働時間の途中に昼食のための休憩時間がない（例えば，午後2時から午後5時までの勤務）非正規労働者には支給していない。
労働契約法旧20条下の判例としては，ハマキョウレックス事件最高裁判決（給食手当）があります。
単身赴任手当
単身赴任手当は，単身赴任に伴う二重生活の費用の補償として支給される手当と考えられます。
したがって，単身赴任をして同じ要件を充足する非正規労働者に対しては，正社員と同様に支給する必要があります。